Cerklje ležijo na prometno pomembni lokaciji. Razpotegnjene so vzdolž ceste, ki vodi iz Vodic in Ljubljane do spodnje postaje krvavške žičnice. V Spodnjem Brniku je letališče Brnik in križišče ceste Ljubljana – Krvavec in pomembnejše ceste Kranj – Mengeš – Domžale, ki je povezava v Kranj. Po JV robu občine vodi avtocesta Ljubljana – Jesenice.
